معاونت پژوهشی دانشگاه شیراز در مهر ماه سال 1360 با عنوان «معاونت پژوهشی» و زیر نظر آقای دکتر علیرضا سپاسخواه (معاون پژوهشی) با 1 نفر پرسنل فعالیت خود را آغاز کرد. قبل از آن معاونت آموزشی و پژوهشی در هم ادغام بود که زیر نظر یک معاون اداره می‌شد. نخستین جلسه شورای پژوهشی دانشگاه با عنوان شورای تحقیقات دانشگاه در سال 1360 تشکیل گردید و از آن پس، فعالیت‌های پژوهشی دانشگاه در چهارچوب امکانات و وظایف شورا متمرکز و هماهنگ شد. در طی سال‌ها، با توجه به گستردگی وظایف و افزایش حجم فعالیت‌های پژوهشی در دانشگاه، دفتر امور پژوهشی و همکاری‌های علمی با ساختار تشکیلاتی جدید متمرکز گردید. در حال حاضر معاونت پژوهشی دانشگاه متشکل از مدیریت امور پژوهشی، مدیریت فناوری و طرح‌های کاربردی، مدیریت نوآوری و کارآفرینی، مرکز نشر و علم سنجی، کتابخانه مرکزی و مرکز اسناد و آزمایشگاه مرکزی می‌باشد که زیر نظر معاون پژوهش و فناوری دانشگاه اداره می‌شود.

    معاونت پژوهش و فناوری در دانشگاه شیراز محور توسعه پژوهش و فناوری مبتنی بر رویکردی تعاملی است. فرایند پژوهشی و فناوری دانشگاه شیراز همانند سایر دانشگاه‌های تراز اول کشور معطوف به تربیت سرمایه انسانی پژوهشگر و فناور است و قوام بخش آموزش از طریق افزایش قابلیت‌ها و توسعه ظرفیت‌هاست. معاونت به دنبال آن است که با بهره‌گیری از تمامی ظرفیت‌های محلی، ملی، منطقه‌ای و بین‌المللی به‌خصوص اعضای هیات علمی زمینه بسط پژوهش‌های بنیادی، کاربردی و توسعه‌ای و تجاری‌سازی نتایج پژوهش را تا تحقق کامل اهداف دانشگاه پیگیری کند و موتور محرکه دانشگاه از طریق جلب و جذب سرمایه‌گذاری داخلی و خارجی و انجام پروژه‌های مشترک باشد.